בשטחים חל משטר של כיבוש. זהו משטר צבאי, שבו המפקד הצבאי, אלוף פיקוד מרכז, הוא הסמכות העליונה. החוקים החלים בשטחים מורכבים מהחוקים שחלו בהם לפני הכיבוש, בתוספת שינויים שהכניסה בהם ישראל במשך השנים באמצעות צווים של המפקד הצבאי, ואשר אמורים להיות כפופים לדיני הכיבוש. דיני הכיבוש הם חלק מהמשפט ההומניטרי הבינלאומי העוסק בזכויות אדם בעת לחימה וסכסוך. הם נועדו להבטיח מצד אחד את קיומו של המשטר הצבאי הזמני, שאמון על החוק והסדר בשטח הכבוש; ומצד שני, את ההגנה על זכויות התושבים המקומיים הפלסטינים, המכונים "תושבים מוגנים". כמו כן, בהתאם לקביעת בית המשפט הבינלאומי לצדק, בשטחים חל גם המשפט הבינלאומי לזכויות האדם (שמתייחס לזכויות האדם של כל בני האדם, לאו דווקא בעת לחימה או כיבוש). לפי המשפט הבינלאומי למדינת ישראל יש חובה מיוחדת כלפי התושבים המקומיים בשטח הכבוש, והיא נושאת באחריות מיוחדת לספק להם הגנות, בין היתר, על חייהם, רכושם, כבודם, אורחות חייהם, אמונתם וזכויותיהם המשפחתיות.

מלכתחילה ישראל לא הכירה בשטחים ככבושים, וכך התנערה מלקיים את ההוראות של דיני הכיבוש. בהמשך ישראל הודיעה כי, לפנים משורת הדין, היא תקיים את "הוראותיה ההומניטריות" של אמנת ג'נבה הרביעית, העוסקת בהגנה על אזרחים. במהלך השנים, משטר הכיבוש בשטחים התאפיין בסטייה הולכת ומתרחבת מהדין הבינלאומי, מדיני הכיבוש ומההגנות על התושבים. כך למשל, ישראל הקימה התנחלויות ויישבה אזרחים שלה בשטח הכבוש, דבר שאסור על פי הדין ההומניטרי הבינלאומי. בנוסף, ישראל פעלה להחיל את הדין הישראלי על ההתנחלויות ועל תושביהן, באופן שיצר שתי מערכות חוק נפרדות ומפלות לתושבים החיים בשטחים, על בסיס אתני-לאומי. התהליך המשמעותי ביותר שהתרחש במהלך השנים הוא סיפוח זוחל של השטחים – מבחינה מעשית (דה-פקטו), גם אם לא מוצהרת. סיפוח זה יוצר שתי מערכות חוק נפרדות ושונות לשתי האוכלוסיות בשטח: יותר ויותר הגנות וזכויות לאוכלוסייה היהודית/ישראלית בשטחים, ובמקביל, הסרה של הגנות בינלאומיות מהאוכלוסייה הפלסטינית, וקיבוע של הסדרים ודינים מפלים. תהליך הסיפוח הזוחל מתבצע בשלל אמצעים, שכל אחד מהם משמעותי כשלעצמו, ושביחד הופכים את הסיפוח לעובדה ברורה ובעלת השלכות דרמטיות על זכויות האדם של הצדדים ועל המציאות הפוליטית באזור. מעבר להקמת מפעל ההתנחלויות ולהחלת הדין הישראלי על התושבים היהודים החיים בהן, פועלת ישראל לסילוק תושבים פלסטינים משטחי C (בין היתר באמצעות היעדר תכנון ומניעת נגישות למים ולשטחים חקלאיים), ולמחיקת הקו הירוק על ידי קידום מיזמים המבטלים את ההפרדה בין ישראל לבין השטחים הכבושים (לרבות תשתיות תחבורה, הקמת אוניברסיטה והכפפתה למועצה להשכלה גבוהה), ועוד.

בשנים האחרונות הועמקה השיטה של סיפוח דה-פקטו, ועימה הפגיעה בזכויות האדם של הפלסטינים, באמצעות קידום חקיקה ישירה של הכנסת על השטחים הכבושים, להבדיל משימוש בצווים צבאיים של המפקד הצבאי.

ב-2017 נקבע כי ועדת השרים לחקיקה לא תקדם חקיקה בלי לבחון אם יש צורך להחיל את החוק המוצע בשטחים ומה הדרך לעשות זאת; והוקם אשכול ייעודי במשרד המשפטים לעניין החלת הדין הישראלי בשטחים. כמו כן הוקמה בכנסת ב-2016 ועדת משנה לענייני איו"ש (תת-ועדה של ועדת החוץ והביטחון), העוסקת בסוגיות אזרחיות הנוגעות לשטחים ומטפלת בקידום ענייניהם של המתנחלים בשטחים. והעיקר: בתקופת כהונתה של הכנסת ה-20 נחקקו שמונה חוקים ותיקוני חקיקה החלים ישירות על הגדה המערבית. כמה מהם, ובראשם חוק ההסדרה, משנים בצורה משמעותית את אופן השליטה הישראלית בשטחים ומשפיעים ישירות על זכויותיהם של הפלסטינים. בין החוקים שעברו: חוק ההסדרה, שנועד להכשיר בדיעבד בנייה בהתנחלויות ובמאחזים על קרקעות פרטיות של פלסטינים, תוך קביעת מנגנון להפקעת קרקעות פרטיות למטרה זו, ומתן פיצוי לבעלים. מדובר בצעד חקיקתי חריג וקיצוני: חוק חדש שלא חל בישראל אלא רק בשטחים; בעל תחולה טריטוריאלית ולא פרסונלית; חוק שמורה למפקד הצבאי כיצד לנהל את המקרקעין בשטחים; פוגע באופן ישיר בזכויות הקניין האישיות של פלסטינים, המוגנות תחת דיני הכיבוש. תיקון לחוק בתי משפט לעניינים מנהליים, שהעביר מבג"ץ לבית המשפט לעניינים מנהליים בירושלים את הטיפול בעתירות מנהליות הנוגעות לשטחים בתחומי תכנון ובנייה, חוק חופש המידע, כניסה ויציאה מהגדה ומעבר בתוכה, וצווי הרחקה ופיקוח של הצבא. הציפייה של הממשלה היא שהמהלך יוביל לפסיקה טובה עבור המתנחלים, בפרט בתחום התכנון והבנייה. תיקון חוק המועצה להשכלה גבוהה (המל"ג) והחלתו על מוסדות אקדמאים בהתנחלויות, שביטל את ההפרדה שהייתה קיימת בין המועצה להשכלה גבוהה במדינת ישראל לבין מל"ג-יו"ש. תיקון לחוק איסור הפליה במוצרים, שהוסיף איסור הפליה מחמת מקום מגורים. החוק חל עתה על התנחלויות כמו על יישובים בישראל. במקביל תוקן חוק הגנת הצרכן, באופן המחייב עסקים לסמן אם הם אינם מספקים הובלות או שירותי תיקון לאזור מסוים או ליישובים מסוימים בישראל או להתנחלויות. לסקירה מלאה והסברים מפורטים על כל חוק ומשמעותו ראו דוח האגודה לזכויות האזרח.

לתהליכי החקיקה הישירה והעמקת הסיפוח יש השלכות דרמטיות על זכויות האדם של הפלסטינים בשטחים. 1. ערעור כל עקרונות היסוד של דיני הכיבוש, שישראל התחייבה להם: חקיקה ישירה של הכנסת על השטחים עומדת בסתירה לחובות המפקד הצבאי, מערערת את שלושת היסודות המהותיים של דיני הכיבוש, ומעמיקה את הפגיעה בזכויות האדם של פלסטינים. א. עקרון הזמניות: המשפט הבינלאומי ההומניטרי קובע שכיבוש הוא במהותו מצב זמני, לא קבוע. הקמת ההתנחלויות ערערה עקרון זה, וכעת החקיקה הישירה מעמיקה זאת. המשמעות היא שהכנסת והממשלה, שאינן מייצגות את התושבים הפלסטינים, שמות את עצמן בנעלי הריבון והמחוקק בשטחים, ובנוסף מכריזות כי מדובר בריבונות קבועה. ב. שמירה על הדין הקיים: סעיף 43 לתקנות האג קובע שהמצב החוקי שהיה קיים לפני הכיבוש ממשיך להתקיים, ושלמפקד הצבאי מותר לשנותו רק אם הדבר הכרחי לטובת האוכלוסייה המקומית או לצורך צבאי מובהק. במהלך השנים הוציא הצבא אלפי צווים ותקנות, שכבר שינו את המשפט ואת המציאות בשטחים. כעת חברי הכנסת רוצים לשנות את החוק בעצמם, בלי כל מחויבות לכבד את החוק הקיים, ותוך התעלמות מהמגבלות שקובע הדין ההומניטרי הבינלאומי. ג. סוגית הריבונות: במצב של כיבוש, המפקד הצבאי הוא השליט הזמני ("חליף הריבון"), והוא פועל כרשות מחוקקת, מבצעת ושופטת. מוטלת עליו החובה לשמור על זכויות התושבים המקומיים מכוח דיני הכיבוש. בהיותו חליף הריבון, בידי הצבא הסמכות החוקית הבלעדית בשטחים, לרבות בענייני תכנון ובנייה, שליטה וניהול של קרקעות ופיתוח פיזי. בפועל, החלטות משמעותיות הנוגעות לניהול השטחים מתקבלות גם על ידי הדרג המדיני והבירוקרטיה האזרחית בישראל – תהליך שמעמיק עם החקיקה הישירה של הכנסת (למשל בחוק ההסדרה). המשמעות היא שהאינטרסים הלאומיים-טריטוריאליים הישראלים – ביטחון המתנחלים והרחבת ההתנחלויות – הם שמעצבים את המדיניות בשטחים, ואילו חובות המפקד הצבאי על פי המשפט הבינלאומי לשמור על האינטרסים והזכויות של האוכלוסייה הפלסטינית כחליף הריבון נדחקות הצידה. 2. המשך ביסוס והעמקת המציאות של שתי מערכות חוק לפי לאום: בשטחים פועלות באותו שטח עצמו שתי מערכות חוק שונות לחלוטין – אחת לאזרחים ישראלים והשנייה לתושבים הפלסטינים. התוצאה היא אפליה ממוסדת של תושבים על בסיס לאום. על אף שבשטחים חל משטר צבאי, על האזרחים הישראלים בשטחים חל הדין הישראלי (כמעט במלואו), על כל הזכויות שהוא מקנה, לרבות חוקי היסוד. לעומתם, הפלסטינים כפופים לחוק הצבאי, שככלל מחמיר הרבה יותר, ונשפטים לפי חוק זה גם בעברות ביטחוניות וגם בעברות פלילות רגילות (למשל, פלסטיני יישפט לפי הדין הצבאי בבית משפט צבאי גם אם יעבור עבירת תנועה או יגנוב חלב מהמכולת). קידום החקיקה הישירה לא נעשה במטרה להחיל ריבונות וסיפוח שירחיבו רשמית את גבולות מדינת ישראל ויחילו את החוק הישראלי ברחבי הגדה המערבית, כפי שנעשה בירושלים המזרחית. זאת מכיוון שישראל לא מתכוונת להעניק לפלסטינים מעמד וזכות הצבעה כפי שמחייבת ריבונות, או להעניק שירותי חינוך, בריאות ורווחה שוויוניים ברחבי "המדינה האחת" שבין הירדן לים. מטרת התהליכים היא למסד משטר אפליה כפול של סיפוח וכיבוש, שבמסגרתו – מחד, חקיקה של הכנסת תרחיב את ההתנחלויות ותחזק את הזיקה שלהן למדינת ישראל הריבונית, ומאידך, משטר הכיבוש הצבאי ימשיך לחול על האוכלוסייה הפלסטינית כאילו דבר לא השתנה. יוזמי החקיקה אף קושרים כתרים של שוויון, דמוקרטיה וזכויות אדם כמטרת העל של חקיקה זאת – כל עוד ערכים אלה מתייחסים לישראלים בלבד.

החקיקה הישירה של הכנסת על השטחים היא תופעה חדשה במסגרת תהליך שנמשך כבר יותר מ-50 שנים. הקמת ההתנחלויות לוותה מראשיתה בהפרה של המשפט ההומניטרי הבינלאומי וביצירת שתי מערכות חוק נפרדות ומפלות למתנחלים ולפלסטינים (ראו דוח האגודה לזכויות האזרח בעניין זה). פריצת הגבולות של הכנסת ה-20, המחוקקת מחוץ לשטחה הריבוני של מדינת ישראל, נוגדת מן היסוד את הכללים החלים על שטח כבוש, ומצמצמת את הזכויות שדיני הכיבוש אמורים להעניק לתושבים המוגנים. במציאות זו של ערבוב בין כיבוש לסיפוח יוצאים הפלסטינים קרחים מכאן ומכאן: ללא ההגנות והזכויות של הדין ההומניטרי הבינלאומי והדין הבינלאומי, וללא אלו של המשפט הישראלי. מצב זה אינו חוקי, ובלתי נסבל מבחינת השמירה על זכויות האדם.