לאחר סיפוח ירושלים המזרחית קיבלו הערבים הפלסטינים המתגוררים בה מעמד של תושבי קבע. ככאלה הם זכאים לכל השירותים והזכויות שמהם נהנים אזרחי המדינה, למעט הזכות להצביע בבחירות לכנסת – אך ישראל לא הקצתה משאבים לתחזוק ירושלים המזרחית ולפיתוחה. 73% מתושבי ירושלים המזרחית חיים מתחת לקו העוני, ותושביה סובלים בין היתר ממחסור בתשתיות כגון כבישים, מים וביוב, ממחסור בכיתות לימוד, בשירותים סוציאליים, בשירותי בריאות ותברואה ועוד.

​

האגודה לזכויות האזרח פועלת להפסיק את הפגיעה המתמשכת בזכויות האדם הבסיסיות של התושבות והתושבים בירושלים המזרחית. בין היתר הצליחה האגודה להביא לשיפור משמעותי בשירותי הדואר, ופועלת לשיפור השירות של רשות האוכלוסין וההגירה. עוד עוסקת האגודה במצבן של השכונות שמעבר לחומת ההפרדה, ובפרט בנושא משבר המים המתחולל בהן. מדי שנה מפרסמת האגודה מסמך של עובדות ונתונים על ירושלים המזרחית, כדי להביא לידיעת הציבור את ממדי האפליה וההזנחה של התושבות והתושבים בכל תחומי החיים.